Bulletin officiel

OBJET : Le séquençage génomique dans le domaine alimentaire

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RESUME : Le séquençage de génome entier (WGS – Whole Genome Sequencing) est une méthode clé pour surveiller les bactéries pathogènes d’origine alimentaire (notamment Salmonella, Listeria monocytogenes, STEC, Campylobacter jejuni/coli). Il permet une caractérisation fine des propriétés des souches et des comparaisons génomiques, identifiant des clusters et des liens microbiologiques possibles entre souches humaines, alimentaires et environnementales. Cette méthode est incontournable pour les exploitants, dans certaines circonstances, afin de répondre à des objectifs de surveillance, d’investigation et de maîtrise d’un danger. Elle est aussi appliquée en routine par les autorités sanitaires en contexte de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC), de cas humains groupés, d’alertes alimentaires ou de plans de surveillance et de contrôle (PSPC). En contexte de cas humains d’origine alimentaire, le règlement européen 2025/179 impose en outre, depuis le 23/08/2026, le séquençage et le partage des génomes via la plateforme OH-WGS (EFSA/ECDC) pour les 5 pathogènes cités. L’instruction présente les fondamentaux de cette méthode, et décrit les rôles des différents acteurs impliqués, de l’envoi des souches ou prélèvements aux laboratoires de référence (LNR/CNR), avec des commémoratifs précis, à la transmission des résultats des analyses génomiques des LNR/CNR à la DGAL/MUS, puis en cascade aux DDecPP et aux exploitants, sans divulguer de données protégées.

DGAL/MUS	Instruction technique DGAL/MUS/2026-645 Publiée le 23-10-2026
	Diffusion : Tout public
Relations avec les autres instructions
Cette instruction n'abroge aucune autre instruction. Cette instruction ne modifie aucune autre instruction.	Cette instruction n'est abrogée par aucune instruction. Cette instruction n'est modifiée par aucune instruction. Cette instruction n'a jamais été rectifiée.

DESTINATAIRES D'EXECUTION :  DRAAF  DAAF  DD(CS)PP

DESTINATAIRES D'INFORMATION :